Als Teilgebiet der Inneren Medizin beschäftigt sich die Gastroenterologie mit Erkrankungen des Magen-Darm-Traktes, der Leber, der Gallenblase, und der zum Verdauungstrakt gehörenden Hormondrüsen wie der Bauchspeicheldrüse.

Häufige Krankheitsbilder sind beispielsweise Ulcuserkrankungen (Magen-Zwölffingerdarmgeschwür), Lebererkrankungen wie Hepatitis (Leberentzündung) oder Leberzirrhose, aber auch chronisch entzündliche Darmerkrankungen (Morbus Crohn, Colitis Ulcerosa).

Daneben gibt es auch im Verdauungstrakt bösartige Tumore, vor allem im Bereich des Dickdarms, Magens und Bauchspeicheldrüse.